Сценарий фильма, присланный по почте на киностудию имени Горького, был написан режиссёром и кинодраматургом из Белоруссии Николаем Николаевичем Фигуровским и назывался «Благоразумная ведьма». Название «Когда деревья были большими» было придумано Фигуровским позже, в процессе доработки сценария. На главную роль был приглашён Василий Меркурьев, который, прочтя сценарий, дал согласие. Однако, позже режиссёру пришлось отказать Мерькурьеву, поскольку тому было сложно выезжать в командировки, а снимать натуру, как предлагал актер, рядом с его дачей под Ленинградом было невозможно по финансовым соображениям. Юрий Никулин, работавший клоуном в цирке, до этого фильма снимался только в комедийных ролях у Леонида Гайдая, поэтому честно сказал Кулиджанову, что не знает, сможет ли сыграть роль Иорданова. Фильм снимался сначала в Москве, затем - в Московской области, в деревне Мамонтово Ногинского района. В Москве съёмки начались с трёх эпизодов, которые потом в фильм не вошли. В них более подробно рассказывалось о московской жизни Кузьмы Кузьмича Иорданова. В одном из них, пытаясь заработать себе на жизнь, Кузьмич отправился в лес за ландышами, его ужалил шмель, и с опухшей физиономией он идёт продавать цветы на рынок. Рыночные торговки накидываются на новоявленного конкурента и устраивают драку, которую разгоняют милиционеры, а Кузьмича как зачинщика засаживают на пятнадцать суток. В начале фильма об этом вскользь упоминает майор милиции в беседе с Иордановым. Встреча главных героев снималась на железнодорожной станции «Белокаменная» Малого кольца Московской железной дороги. Здесь неоднократно снимались и другие художественные фильмы. Известно, что при сдаче фильма худсовету в декабре 1961 года против картины резко выступили Георгий Мдивани и Марк Донской. Однако, немного позже картину поддержали Сергей Герасимов и тогдашний министр культуры СССР Екатерина Фурцева. На страничке "Википедии", посвященной этому фильму, содержится ложная информация о том, что микроскопическую роль станционного смотрителя сыграл Вячеслав Тихонов. На самом деле это был Георгий Шаповалов, фамилия которого есть в титрах.

Ее скудная фильмография абсолютно несопоставима с огромным талантом и невероятной органикой. Инна Гулая сыграла всего четыре главные роли - в фильмах "Тучи над Борском", "Когда деревья были большими", "Долгая счастливая жизнь" и "Пристань на том берегу". Ее муж - режиссер, сценарист и поэт Геннадий Шпаликов - в марте 1963 года, в день, когда у них с Инной родилась дочь Даша, выступил с обличительным заявлением на встрече руководителей страны и деятелей советского кино в Кремле. Дело в том, что фильм Марлена Хуциева «Застава Ильича» по сценарию Шпаликова уличили в антисоветчине и положили "на полку". Вскоре после этого выступления талантливому кинематографисту стали всячески "перекрывать кислород" в Москве: не печатали стихи в центральной прессе, не брали в производство сценарии. Инну перестали приглашать сниматься. Ее продолжал снимать благородный, преданный своим актерам Михаил Швейцер - но это были лишь крохотные эпизоды. Проявлял заботу Лев Кулиджанов, но выхлопотанное им для Инны в 1976 году звание заслуженной артистки ничего не могло изменить ни в ее жизни, ни в актерской биографии. Инна работала в Театре киноактера, но это не помогало семье сводить концы с концами. Исход был страшным. Геннадий Шпаликов запил и 1 ноября 1974 года повесился на одной из писательских дач в Переделкино. Друзья Геннадия обвинили Инну в смерти мужа. Она осталась одна, замкнулась в себе, стала пить. Свести счеты с жизнью, по собственному признанию, не имела права - на руках была маленькая дочь. Однако, через 16 лет, 27 мая 1990 года, ушла из жизни и она. Смерть заслуженной артистки России Инны Гулая до сих пор окутана покровом тайны. По одной из версий следствия, причиной гибели стала передозировка снотворного. В 1994 году Леонид Филатов посвятил актрисе одну из передач цикла "Чтобы помнили..." (№ 1).